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NMR solution structure of the De novo designed small beta-barrel protein 29_bp_sh3
Authors
Peterson, F.C., Kim, D.E., Jensen, D.R., Saleem, A., Chow, C.M., Volkman, B.F., Baker, D.
Assembly
De novo designed small beta-barrel protein 29 bp sh3
Entity
1. De novo designed small beta-barrel protein 29 bp sh3 (polymer, Thiol state: not present), 61 monomers, 6873.610 Da Detail

SEVETVLRKA AERNKTVDIH TKSGTTVRVN VKRVDSKSVK VERNGQDLEI SLDQITHVDG W


Formula weight
6873.61 Da
Source organism
synthetic construct
Exptl. method
solution NMR
Data set
assigned_chemical_shifts
Chemcal Shifts
1H: 432, 13C: 263, 15N: 65 assignments Detail
IDEntity IDSeq IDComp IDAtom IDAtom typeValVal errAmbig. code
112GLUHAH4.3360.000
212GLUHB2H2.1830.000
312GLUHB3H2.1320.000
412GLUHG2H2.3770.001
512GLUHG3H2.3770.001
612GLUCC177.8000.000
712GLUCAC58.9640.000
812GLUCBC29.6190.000
912GLUCGC36.4380.000
1013VALHH8.1550.000
1113VALHAH3.6900.000
1213VALHBH1.9960.000
1313VALHG11H1.0060.000
1413VALHG12H1.0060.000
1513VALHG13H1.0060.000
1613VALHG21H0.8760.000
1713VALHG22H0.8760.000
1813VALHG23H0.8760.000
1913VALCC177.0710.000
2013VALCAC66.4610.000
2113VALCBC32.2950.000
2213VALCG1C23.0350.000
2313VALCG2C21.6510.000
2413VALNN118.6970.000
2514GLUHH8.0620.000
2614GLUHAH3.6820.000
2714GLUHB2H2.0750.000
2814GLUHB3H2.0750.000
2914GLUHG2H2.2260.000
3014GLUHG3H2.1320.000
3114GLUCC178.0520.000
3214GLUCAC60.8080.000
3314GLUCBC29.8090.000
3414GLUCGC36.8520.000
3514GLUNN119.1490.000
3615THRHH7.8470.000
3715THRHAH3.8570.000
3815THRHBH4.3210.000
3915THRHG21H1.2480.000
4015THRHG22H1.2480.000
4115THRHG23H1.2480.000
4215THRCC176.9110.000
4315THRCAC66.9190.000
4415THRCBC68.9220.000
4515THRCG2C21.8530.000
4615THRNN114.6240.000
4716VALHH8.1060.000
4816VALHAH3.6160.000
4916VALHBH1.9580.000
5016VALHG11H1.0080.000
5116VALHG12H1.0080.000
5216VALHG13H1.0080.000
5316VALHG21H0.7850.000
5416VALHG22H0.7850.000
5516VALHG23H0.7850.000
5616VALCC178.6930.000
5716VALCAC66.5200.000
5816VALCBC31.7150.000
5916VALCG1C22.1680.000
6016VALCG2C21.4110.000
6116VALNN120.9780.000
6217LEUHH8.1460.000
6317LEUHAH4.0380.000
6417LEUHB2H2.0390.000
6517LEUHB3H1.2110.000
6617LEUHGH1.9960.000
6717LEUHD11H0.7900.000
6817LEUHD12H0.7900.000
6917LEUHD13H0.7900.000
7017LEUHD21H0.7150.000
7117LEUHD22H0.7150.000
7217LEUHD23H0.7150.000
7317LEUCC178.5430.000
7417LEUCAC58.1220.000
7517LEUCBC42.1970.000
7617LEUCGC27.1000.000
7717LEUCD1C23.9250.000
7817LEUCD2C27.3000.000
7917LEUNN119.5890.000
8018ARGHH8.4990.000
8118ARGHAH3.8940.000
8218ARGHB2H1.9100.000
8318ARGHB3H1.5940.000
8418ARGHG2H1.9130.000
8518ARGHG3H1.9130.000
8618ARGHD2H3.2600.000
8718ARGHD3H3.1710.000
8818ARGCC179.6620.000
8918ARGCAC60.7280.000
9018ARGCBC29.8500.000
9118ARGCGC30.2140.000
9218ARGCDC43.5650.000
9318ARGNN119.3080.000
9419LYSHH7.9240.000
9519LYSHAH4.1680.000
9619LYSHB2H1.9930.000
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9819LYSHG2H1.6310.000
9919LYSHG3H1.5100.000
10019LYSHD2H1.6410.000
10119LYSHD3H1.6410.000
10219LYSHE2H2.8770.002
10319LYSHE3H2.8770.002
10419LYSCC179.1650.000
10519LYSCAC59.1880.000
10619LYSCBC32.0880.000
10719LYSCGC25.4170.000
10819LYSCDC29.2290.000
10919LYSCEC42.1910.000
11019LYSNN119.9470.000
111110ALAHH8.3680.000
112110ALAHAH3.9750.000
113110ALAHB1H1.4960.000
114110ALAHB2H1.4960.000
115110ALAHB3H1.4960.000
116110ALACC180.3250.000
117110ALACAC55.4540.000
118110ALACBC18.2490.000
119110ALANN121.9970.000
120111ALAHH8.1900.000
121111ALAHAH4.2290.000
122111ALAHB1H1.3810.000
123111ALAHB2H1.3810.000
124111ALAHB3H1.3810.000
125111ALACC180.5310.000
126111ALACAC54.6760.000
127111ALACBC17.9170.000
128111ALANN120.4340.000
129112GLUHH7.8500.000
130112GLUHAH4.0950.000
131112GLUHB2H2.2580.000
132112GLUHB3H2.1870.000
133112GLUHG2H2.5550.000
134112GLUHG3H2.3330.000
135112GLUCC178.2780.000
136112GLUCAC59.0680.000
137112GLUCBC30.2230.000
138112GLUCGC36.6040.000
139112GLUNN117.3530.000
140113ARGHH7.6170.000
141113ARGHAH4.4960.000
142113ARGHB2H1.6270.000
143113ARGHB3H2.1260.000
144113ARGHG2H1.8350.000
145113ARGHG3H1.7420.000
146113ARGHD2H3.2120.000
147113ARGHD3H3.2120.000
148113ARGCC175.2820.000
149113ARGCAC55.1110.000
150113ARGCBC31.0100.000
151113ARGCGC27.4880.000
152113ARGCDC43.6470.000
153113ARGNN114.3840.000
154114ASNHH7.9520.000
155114ASNHAH4.6240.000
156114ASNHB2H3.1080.000
157114ASNHB3H2.7170.000
158114ASNHD21H7.4910.000
159114ASNHD22H6.8320.000
160114ASNCC174.5920.000
161114ASNCAC54.3240.000
162114ASNCBC37.5560.000
163114ASNNN118.4700.000
164114ASNND2N111.2300.000
165115LYSHH8.0240.000
166115LYSHAH4.4640.000
167115LYSHB2H1.4270.000
168115LYSHB3H1.7050.000
169115LYSHG2H1.2170.000
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171115LYSHD2H1.5310.000
172115LYSHD3H1.5310.000
173115LYSHE2H2.7640.000
174115LYSHE3H2.7640.000
175115LYSCC176.2980.000
176115LYSCAC54.9860.000
177115LYSCBC34.5320.000
178115LYSCGC24.4220.000
179115LYSCDC28.5660.000
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186116THRHG22H1.0800.000
187116THRHG23H1.0800.000
188116THRCC174.3540.000
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196117VALHG11H0.6300.000
197117VALHG12H0.6300.000
198117VALHG13H0.6300.000
199117VALHG21H0.5530.000
200117VALHG22H0.5530.000
201117VALHG23H0.5530.000
202117VALCC173.4650.000
203117VALCAC59.1630.000
204117VALCBC35.8170.000
205117VALCG1C22.9310.000
206117VALCG2C18.7040.000
207117VALNN116.8870.000
208118ASPHH8.5660.000
209118ASPHAH5.3580.000
210118ASPHB2H2.7230.000
211118ASPHB3H1.8750.000
212118ASPCC175.4260.000
213118ASPCAC53.3130.000
214118ASPCBC41.7420.000
215118ASPNN119.3760.000
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222119ILEHG22H0.7630.000
223119ILEHG23H0.7630.000
224119ILEHD11H0.6480.000
225119ILEHD12H0.6480.000
226119ILEHD13H0.6480.000
227119ILECC174.3080.000
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231119ILECG2C18.5390.000
232119ILECD1C15.0000.000
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239120HISHE1H8.3150.000
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242120HISCBC30.2640.000
243120HISCD2C119.3610.000
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250121THRHG22H1.0600.000
251121THRHG23H1.0600.000
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253121THRCAC60.0830.000
254121THRCBC72.8990.000
255121THRCG2C20.5030.000
256121THRNN112.2870.000
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258122LYSHAH4.0540.000
259122LYSHB2H1.9770.000
260122LYSHB3H1.8790.000
261122LYSHG2H1.4240.000
262122LYSHG3H1.4240.000
263122LYSHD2H1.7450.000
264122LYSHD3H1.7450.000
265122LYSHE2H2.9930.000
266122LYSHE3H2.9350.000
267122LYSCC177.8400.000
268122LYSCAC59.5240.000
269122LYSCBC32.8000.000
270122LYSCGC26.8250.000
271122LYSCDC29.8900.000
272122LYSCEC42.5140.000
273122LYSNN122.6800.000
274123SERHH8.1360.000
275123SERHAH4.0450.000
276123SERHB2H4.2190.000
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278123SERCC174.7910.000
279123SERCAC59.3580.000
280123SERCBC64.5260.000
281123SERNN112.1090.000
282124GLYHH8.1290.000
283124GLYHA2H4.3850.000
284124GLYHA3H3.8890.000
285124GLYCAC45.4280.000
286124GLYNN109.5430.000
287125THRHH7.2630.000
288125THRHAH4.5410.000
289125THRHBH4.0490.000
290125THRHG21H1.0730.000
291125THRHG22H1.0730.000
292125THRHG23H1.0730.000
293125THRCC173.8630.000
294125THRCAC61.2890.000
295125THRCBC70.6770.000
296125THRCG2C21.9980.000
297125THRNN113.9460.000
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299126THRHAH5.0710.000
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301126THRHG21H0.5950.000
302126THRHG22H0.5950.000
303126THRHG23H0.5950.000
304126THRCC174.0730.000
305126THRCAC61.9630.000
306126THRCBC70.3310.000
307126THRCG2C21.1080.000
308126THRNN121.5890.000
309127VALHH8.8230.000
310127VALHAH4.4540.000
311127VALHBH1.7670.000
312127VALHG11H0.7750.000
313127VALHG12H0.7750.000
314127VALHG13H0.7750.000
315127VALHG21H0.7680.000
316127VALHG22H0.7680.000
317127VALHG23H0.7680.000
318127VALCC174.0730.000
319127VALCAC59.6710.000
320127VALCBC34.4220.000
321127VALCG1C21.4750.000
322127VALCG2C19.5320.000
323127VALNN122.7470.000
324128ARGHH8.3950.000
325128ARGHAH5.4050.000
326128ARGHB2H1.7590.000
327128ARGHB3H1.6390.000
328128ARGHG2H1.4230.000
329128ARGHG3H1.3580.000
330128ARGHD2H3.1240.000
331128ARGHD3H3.1240.000
332128ARGCAC56.1100.000
333128ARGCBC30.2140.000
334128ARGCGC27.3010.000
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336128ARGNN129.5570.000
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338129VALHAH5.0890.000
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345129VALHG23H0.6390.000
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347129VALCAC58.8400.000
348129VALCBC37.5980.000
349129VALCG1C23.2620.000
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760161TRPNE1N129.1840.000

Release date
2022-05-30
Citation
De novo design of small beta barrel proteins
Kim, D.E., Jensen, D.R., Feldman, D., Tischer, D., Saleem, A., Chow, C.M., Li, X., Carter, L., Milles, L., Nguyen, H., Kang, A., Bera, A.K., Peterson, F.C., Volkman, B.F., Ovchinnikov, S., Baker, D.
Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. (2023), 120, e2207974120-e2207974120, PubMed 36897987 , DOI 10.1073/pnas.2207974120 ,
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  BMRB: 31018 released on 2022-05-30
    Title NMR solution structure of the De novo designed small beta-barrel protein 33_bp_sh3
Related entities 1. De novo designed small beta-barrel protein 29 bp sh3, : 4 entities Detail
Experiments performed 3 experiments Detail
Chemical shift validation 3 contents Detail
Keywords DE NOVO PROTEIN, high-throughput screening, machine learning, protein design, small beta barrels