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Solution structure of MLKL executioner domain in complex with a fragment
Authors
Ruebbelke, M., Bauer, M., Hamilton, J., Binder, F., Nar, H., Zeeb, M.
Assembly
Mixed lineage kinase domain-like protein
Entity
1. Mixed lineage kinase domain-like protein, entity 1 (polymer), 157 monomers, 18153.69 Da Detail

GSPGENLKHI ITLGQVIHKR CEEMKYCKKQ CRRLGHRVLG LIKPLEMLQD QGKRSVPSEK LTTAMNRFKA ALEEANGEIE KFSNRSNICR FLTASQDKIL FKDVNRKLSD VWKELSLLLQ VEQRMPVSPI SQGASWAQED QQDADEDRRA FQMLRRD


2. Mixed lineage kinase domain-like protein, entity UJ5 (non-polymer), 324.374 Da
Total weight
18478.062 Da
Max. entity weight
18153.69 Da
Source organism
Homo sapiens
Exptl. method
solution NMR
Data set
assigned_chemical_shifts, spectral_peak_list
Chemcal Shifts
1H: 1062, 13C: 510, 15N: 158 assignments Detail
IDEntity IDSeq IDComp IDAtom IDAtom typeValVal errAmbig. code
111GLYHA2H3.9840.000
211GLYHA3H3.9840.000
311GLYCAC43.3960.000
412SERHAH5.0650.000
512SERHB2H4.0770.000
612SERHB3H4.2010.000
712SERCAC56.9390.000
812SERCBC62.8420.001
913PROHAH4.5980.000
1013PROCAC65.4250.000
1114GLYHA2H3.8460.000
1214GLYHA3H3.9900.000
1314GLYCAC47.0200.021
1415GLUHH7.8350.000
1515GLUHAH4.0630.000
1615GLUHB2H2.0920.000
1715GLUHG2H2.2810.000
1815GLUHG3H2.3480.000
1915GLUCAC59.0000.000
2015GLUCBC29.4200.000
2115GLUCGC36.9460.002
2215GLUNN122.9500.000
2316ASNHH8.6100.000
2416ASNHAH4.7460.000
2516ASNHB2H3.1560.000
2616ASNHB3H3.1560.000
2716ASNCAC55.5640.000
2816ASNCBC37.4970.000
2916ASNNN119.4630.000
3017LEUHAH4.0900.000
3117LEUHB2H1.6640.000
3217LEUHB3H2.1160.000
3317LEUHGH1.5150.000
3417LEUHD11H0.8400.000
3517LEUHD12H0.8400.000
3617LEUHD13H0.8400.000
3717LEUHD21H0.9260.000
3817LEUHD22H0.9260.000
3917LEUHD23H0.9260.000
4017LEUCAC58.0620.000
4117LEUCBC41.9590.006
4217LEUCGC26.4570.000
4317LEUCD1C24.1250.000
4417LEUCD2C25.8080.000
4518LYSHH7.8740.000
4618LYSHAH4.0340.000
4718LYSHB2H1.9890.000
4818LYSHB3H1.9890.000
4918LYSHG2H1.5530.000
5018LYSHG3H1.4700.000
5118LYSHD2H1.7120.000
5218LYSHD3H1.7120.000
5318LYSHE2H2.9570.000
5418LYSHE3H2.9570.000
5518LYSCAC59.7610.000
5618LYSCBC31.8550.000
5718LYSCGC24.7990.002
5818LYSCDC29.1150.000
5918LYSCEC41.7220.000
6018LYSNN118.8100.000
6119HISHH8.0780.000
6219HISHAH4.4480.000
6319HISHB2H3.3520.000
6419HISHB3H3.3520.000
6519HISHD2H6.9600.000
6619HISHE1H7.8670.000
6719HISCAC59.4860.000
6819HISCBC30.4290.000
6919HISCD2C119.0370.000
7019HISCE1C138.5650.000
7119HISNN118.9540.000
72110ILEHH7.7760.000
73110ILEHAH3.4630.000
74110ILEHBH2.1150.000
75110ILEHG12H0.8140.000
76110ILEHG13H2.1040.000
77110ILEHG21H0.9100.000
78110ILEHG22H0.9100.000
79110ILEHG23H0.9100.000
80110ILEHD11H1.0050.000
81110ILEHD12H1.0050.000
82110ILEHD13H1.0050.000
83110ILECAC66.1290.000
84110ILECBC38.4480.000
85110ILECG1C31.0840.002
86110ILECG2C17.5640.000
87110ILECD1C14.3840.000
88110ILENN121.3350.000
89111ILEHH8.2320.000
90111ILEHAH3.5790.000
91111ILEHBH1.8980.000
92111ILEHG12H0.9150.000
93111ILEHG13H1.7730.000
94111ILEHG21H0.9000.000
95111ILEHG22H0.9000.000
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97111ILEHD11H0.7410.000
98111ILEHD12H0.7410.000
99111ILEHD13H0.7410.000
100111ILECAC65.9460.000
101111ILECBC38.5890.000
102111ILECG1C30.2990.004
103111ILECG2C17.5570.000
104111ILECD1C14.4450.000
105111ILENN119.9800.000
106112THRHH8.4360.000
107112THRHAH3.8880.000
108112THRHBH4.2700.000
109112THRHG21H1.2490.000
110112THRHG22H1.2490.000
111112THRHG23H1.2490.000
112112THRCAC66.8140.000
113112THRCBC68.7520.000
114112THRCG2C21.6030.000
115112THRNN115.7020.000
116113LEUHH8.0110.000
117113LEUHAH4.0810.000
118113LEUHB2H1.6590.000
119113LEUHB3H1.7800.000
120113LEUHD11H0.8490.000
121113LEUHD12H0.8490.000
122113LEUHD13H0.8490.000
123113LEUHD21H0.8180.000
124113LEUHD22H0.8180.000
125113LEUHD23H0.8180.000
126113LEUCAC57.8500.000
127113LEUCBC41.8310.149
128113LEUCD1C23.0200.000
129113LEUCD2C26.7220.000
130113LEUNN122.4830.000
131114GLYHH8.3290.000
132114GLYHA2H3.5280.000
133114GLYHA3H3.6280.000
134114GLYCAC47.4880.003
135114GLYNN104.9490.000
136115GLNHH8.2040.000
137115GLNHAH3.9840.000
138115GLNHB2H1.9980.000
139115GLNHB3H2.4840.000
140115GLNHG2H2.6620.000
141115GLNHG3H2.3180.000
142115GLNHE21H6.6320.000
143115GLNHE22H7.2410.000
144115GLNCAC59.3650.000
145115GLNCBC27.4400.010
146115GLNCGC33.7150.001
147115GLNNN120.0520.000
148115GLNNE2N110.7470.002
149116VALHH8.7250.000
150116VALHAH3.6950.000
151116VALHBH2.3710.000
152116VALHG11H0.9500.000
153116VALHG12H0.9500.000
154116VALHG13H0.9500.000
155116VALHG21H1.0840.000
156116VALHG22H1.0840.000
157116VALHG23H1.0840.000
158116VALCAC66.7250.000
159116VALCBC31.6650.000
160116VALCG1C20.7950.000
161116VALCG2C23.2830.000
162116VALNN123.2750.000
163117ILEHH8.3620.000
164117ILEHAH3.4930.000
165117ILEHBH2.0280.000
166117ILEHG12H0.8110.000
167117ILEHG13H1.7740.000
168117ILEHG21H0.7110.000
169117ILEHG22H0.7110.000
170117ILEHG23H0.7110.000
171117ILEHD11H0.8520.000
172117ILEHD12H0.8520.000
173117ILEHD13H0.8520.000
174117ILECAC65.9920.000
175117ILECBC38.1130.000
176117ILECG1C30.1280.002
177117ILECG2C16.8660.000
178117ILECD1C16.2950.000
179117ILENN121.3960.000
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183118HISHB3H3.1710.000
184118HISHD2H6.8130.000
185118HISHE1H7.6270.000
186118HISCAC61.2540.000
187118HISCBC29.7480.000
188118HISCD2C121.6810.000
189118HISCE1C137.8500.000
190118HISNN118.9370.000
191119LYSHH7.8840.000
192119LYSHAH3.6550.000
193119LYSHB2H1.9380.000
194119LYSHB3H1.9380.000
195119LYSHG2H1.3870.000
196119LYSHG3H1.5080.000
197119LYSHD2H1.6560.000
198119LYSHD3H1.6560.000
199119LYSHE2H2.9790.000
200119LYSHE3H2.9790.000
201119LYSCAC59.4800.000
202119LYSCBC32.1190.000
203119LYSCGC24.6430.015
204119LYSCDC29.0950.000
205119LYSCEC41.8450.000
206119LYSNN118.7280.000
207120ARGHH8.4530.000
208120ARGHAH3.9780.000
209120ARGHB2H1.9840.000
210120ARGHB3H1.9840.000
211120ARGHG2H1.7080.000
212120ARGHG3H1.9100.000
213120ARGHD2H3.2390.000
214120ARGHD3H3.0780.000
215120ARGCAC59.0920.000
216120ARGCBC30.1880.000
217120ARGCGC27.6440.008
218120ARGCDC43.4620.017
219120ARGNN117.8500.000
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221121CYSHAH3.9260.000
222121CYSHB2H2.6260.000
223121CYSHB3H3.1240.000
224121CYSCAC65.9510.000
225121CYSCBC27.4800.012
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230122GLUHB3H2.0290.000
231122GLUHG2H1.9440.000
232122GLUHG3H1.9440.000
233122GLUCAC58.2390.000
234122GLUCBC29.9720.004
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236122GLUNN117.8980.000
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240123GLUHB3H2.1030.000
241123GLUHG2H2.2290.000
242123GLUHG3H2.4530.000
243123GLUCAC55.6880.000
244123GLUCBC30.3720.010
245123GLUCGC36.2300.005
246123GLUNN115.3360.000
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249124METHB2H2.4550.000
250124METHB3H2.4550.000
251124METHG2H3.0260.000
252124METHG3H2.9500.000
253124METHE1H2.2650.000
254124METHE2H2.2650.000
255124METHE3H2.2650.000
256124METCAC56.5320.000
257124METCBC33.4050.000
258124METCGC33.1440.000
259124METCEC18.7390.000
260124METNN120.6080.000
261125LYSHH8.8500.000
262125LYSHAH3.9530.000
263125LYSHB2H1.2920.000
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265125LYSHG2H1.3740.000
266125LYSHG3H1.2150.000
267125LYSHD2H1.6070.000
268125LYSHD3H1.6070.000
269125LYSHE2H3.0030.000
270125LYSHE3H3.0030.000
271125LYSCAC57.1790.000
272125LYSCBC33.5550.000
273125LYSCGC25.1740.006
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276125LYSNN120.5260.000
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281126TYRHD1H7.2750.000
282126TYRHD2H7.2750.000
283126TYRHE1H6.9520.000
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285126TYRCAC54.9480.000
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287126TYRCD1C134.0500.000
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289126TYRCE1C118.3490.000
290126TYRCE2C118.3490.000
291126TYRNN115.7120.000
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293127CYSHAH3.7600.000
294127CYSHB2H2.9170.000
295127CYSHB3H2.8330.000
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297127CYSCBC25.8720.009
298127CYSNN114.0130.000
299128LYSHH8.1390.000
300128LYSHAH3.5960.000
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304128LYSHG3H1.2850.000
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307128LYSCAC60.6820.000
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309128LYSCGC25.8630.008
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324129LYSCGC24.8800.001
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333131CYSHAH4.2330.000
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335131CYSHB3H2.8260.000
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337131CYSCBC26.7020.005
338131CYSNN119.1260.000
339132ARGHH8.7770.000
340132ARGHAH3.8880.000
341132ARGHB2H1.8450.000
342132ARGHB3H1.5140.000
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Release date
2021-03-18
Citation
Discovery and Structure-Based Optimization of Fragments Binding the Mixed Lineage Kinase Domain-like Protein Executioner Domain
Ruebbelke, M., Hamilton, J., Binder, F., Bauer, M., King, J., Nar, H., Zeeb, M.
J. Med. Chem. (2021), 64, 15629-15638, PubMed 34672548 , DOI 10.1021/acs.jmedchem.1c00686 ,
Related entities 1. Mixed lineage kinase domain-like protein, entity 1, : 1 : 4 : 6 : 8 entities Detail
Interaction partners 1. Mixed lineage kinase domain-like protein, entity 1, : 11 interactors Detail
Experiments performed 12 experiments Detail
Chemical shift validation 4 contents Detail
Keywords LIPID BINDING PROTEIN, Necroptosis