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Solution structure of MLKL executioner domain in complex with a fragment
Authors
Ruebbelke, M., Bauer, M., Hamilton, J., Binder, F., Nar, H., Zeeb, M.
Assembly
Mixed lineage kinase domain-like protein
Entity
1. Mixed lineage kinase domain-like protein, entity 1 (polymer), 157 monomers, 18153.69 Da Detail

GSPGENLKHI ITLGQVIHKR CEEMKYCKKQ CRRLGHRVLG LIKPLEMLQD QGKRSVPSEK LTTAMNRFKA ALEEANGEIE KFSNRSNICR FLTASQDKIL FKDVNRKLSD VWKELSLLLQ VEQRMPVSPI SQGASWAQED QQDADEDRRA FQMLRRD


2. Mixed lineage kinase domain-like protein, entity UJ8 (non-polymer), 266.338 Da
Total weight
18420.027 Da
Max. entity weight
18153.69 Da
Source organism
Homo sapiens
Exptl. method
solution NMR
Data set
assigned_chemical_shifts, spectral_peak_list
Chemcal Shifts
1H: 1061, 13C: 511, 15N: 159 assignments Detail
IDEntity IDSeq IDComp IDAtom IDAtom typeValVal errAmbig. code
111GLYHA2H3.9670.000
211GLYHA3H3.8950.000
311GLYCAC43.4020.002
412SERHAH4.9690.000
512SERHB2H4.2290.000
612SERHB3H3.9950.000
712SERCAC56.7720.000
812SERCBC62.8540.005
914GLYHA2H3.8480.000
1014GLYHA3H3.9660.000
1114GLYCAC46.8740.019
1215GLUHH7.8280.000
1315GLUHAH4.0410.000
1415GLUHB2H2.0790.000
1515GLUHG2H2.2670.000
1615GLUHG3H2.3370.000
1715GLUCAC58.8370.000
1815GLUCBC29.4540.000
1915GLUCGC36.8510.003
2015GLUNN122.9050.000
2116ASNHH8.5770.000
2216ASNHAH4.6720.000
2316ASNHB2H3.0930.000
2416ASNHB3H3.3900.000
2516ASNCAC55.4780.000
2616ASNCBC37.4820.046
2716ASNNN119.4860.000
2817LEUHH8.1750.000
2917LEUHAH4.0810.000
3017LEUHB2H1.9140.000
3117LEUHB3H2.0320.000
3217LEUHD11H0.8950.000
3317LEUHD12H0.8950.000
3417LEUHD13H0.8950.000
3517LEUHD21H0.9220.000
3617LEUHD22H0.9220.000
3717LEUHD23H0.9220.000
3817LEUCAC58.0510.000
3917LEUCBC41.9650.001
4017LEUCD1C24.1910.000
4117LEUCD2C25.8060.000
4217LEUNN120.4130.000
4318LYSHH7.8170.000
4418LYSHAH3.9830.000
4518LYSHB2H1.9320.000
4618LYSHB3H1.9800.000
4718LYSHG2H1.5340.000
4818LYSHG3H1.4450.000
4918LYSHD2H1.6870.000
5018LYSHD3H1.6870.000
5118LYSHE2H2.8990.000
5218LYSHE3H2.8990.000
5318LYSCAC59.7210.000
5418LYSCBC31.8410.002
5518LYSCGC24.8170.006
5618LYSCDC29.0140.000
5718LYSCEC41.7280.000
5818LYSNN118.6970.000
5919HISHH8.0240.000
6019HISHAH4.4220.000
6119HISHB2H3.2970.000
6219HISHB3H3.2970.000
6319HISHD2H6.9240.000
6419HISHE1H7.7880.000
6519HISCAC59.4410.000
6619HISCBC30.6710.000
6719HISCD2C118.7280.000
6819HISCE1C138.7060.000
6919HISNN118.8080.000
70110ILEHH7.7850.000
71110ILEHAH3.4410.000
72110ILEHBH2.1330.000
73110ILEHG12H0.8260.000
74110ILEHG13H2.0310.000
75110ILEHG21H0.8900.000
76110ILEHG22H0.8900.000
77110ILEHG23H0.8900.000
78110ILEHD11H1.0000.000
79110ILEHD12H1.0000.000
80110ILEHD13H1.0000.000
81110ILECAC65.9150.000
82110ILECBC38.3310.000
83110ILECG1C30.8490.014
84110ILECG2C17.7350.000
85110ILECD1C14.2050.000
86110ILENN121.0680.000
87111ILEHH8.1720.000
88111ILEHAH3.5720.000
89111ILEHBH1.8760.000
90111ILEHG12H0.9450.000
91111ILEHG13H1.7530.000
92111ILEHG21H0.8840.000
93111ILEHG22H0.8840.000
94111ILEHG23H0.8840.000
95111ILEHD11H0.7400.000
96111ILEHD12H0.7400.000
97111ILEHD13H0.7400.000
98111ILECAC65.8670.000
99111ILECBC38.5510.000
100111ILECG1C30.1090.012
101111ILECG2C17.4720.000
102111ILECD1C14.3960.000
103111ILENN120.0600.000
104112THRHH8.3740.000
105112THRHAH3.8770.000
106112THRHBH4.2410.000
107112THRHG21H1.2310.000
108112THRHG22H1.2310.000
109112THRHG23H1.2310.000
110112THRCAC66.7740.000
111112THRCBC68.7700.000
112112THRCG2C21.5820.000
113112THRNN115.6850.000
114113LEUHH8.0250.000
115113LEUHAH4.0700.000
116113LEUHB2H1.6580.000
117113LEUHB3H1.5930.000
118113LEUHD11H0.8370.000
119113LEUHD12H0.8370.000
120113LEUHD13H0.8370.000
121113LEUHD21H0.8020.000
122113LEUHD22H0.8020.000
123113LEUHD23H0.8020.000
124113LEUCAC57.7950.000
125113LEUCBC41.9400.006
126113LEUCD1C23.0840.000
127113LEUCD2C26.6510.000
128113LEUNN122.5060.000
129114GLYHH8.4280.000
130114GLYHA2H3.5300.000
131114GLYHA3H3.6130.000
132114GLYCAC47.4710.018
133114GLYNN105.2250.000
134115GLNHH8.1420.000
135115GLNHAH3.9790.000
136115GLNHB2H2.0020.000
137115GLNHB3H2.4460.000
138115GLNHG2H2.6480.000
139115GLNHG3H2.3060.000
140115GLNHE21H6.6320.000
141115GLNHE22H7.2270.000
142115GLNCAC59.3500.000
143115GLNCBC27.5060.002
144115GLNCGC33.7670.012
145115GLNNN119.9710.000
146115GLNNE2N110.8060.000
147116VALHH8.6200.000
148116VALHAH3.6790.000
149116VALHBH2.3620.000
150116VALHG11H0.9370.000
151116VALHG12H0.9370.000
152116VALHG13H0.9370.000
153116VALHG21H1.0670.000
154116VALHG22H1.0670.000
155116VALHG23H1.0670.000
156116VALCAC66.7120.000
157116VALCBC31.6650.000
158116VALCG1C20.7650.000
159116VALCG2C23.2240.000
160116VALNN123.2210.000
161117ILEHH8.4060.000
162117ILEHAH3.4860.000
163117ILEHBH2.0150.000
164117ILEHG12H0.7940.000
165117ILEHG13H1.7740.000
166117ILEHG21H0.7000.000
167117ILEHG22H0.7000.000
168117ILEHG23H0.7000.000
169117ILEHD11H0.8350.000
170117ILEHD12H0.8350.000
171117ILEHD13H0.8350.000
172117ILECAC65.9300.000
173117ILECBC38.1230.000
174117ILECG1C30.1170.010
175117ILECG2C16.8480.000
176117ILECD1C16.1870.000
177117ILENN121.4220.000
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180118HISHB2H3.1670.000
181118HISHB3H3.1670.000
182118HISHD2H6.7770.000
183118HISHE1H7.5620.000
184118HISCAC61.3120.000
185118HISCBC29.8890.000
186118HISCD2C121.6630.000
187118HISCE1C137.9270.000
188118HISNN119.1480.000
189119LYSHH7.8680.000
190119LYSHAH3.6540.000
191119LYSHB2H1.9290.000
192119LYSHB3H1.9290.000
193119LYSHG2H1.3690.000
194119LYSHG3H1.4860.000
195119LYSHD2H1.6570.000
196119LYSHD3H1.6570.000
197119LYSHE2H2.9500.000
198119LYSHE3H2.9500.000
199119LYSCAC59.4480.000
200119LYSCBC32.1670.000
201119LYSCGC24.6040.006
202119LYSCDC29.0920.000
203119LYSCEC41.9670.000
204119LYSNN118.7110.000
205120ARGHH8.4180.000
206120ARGHAH3.9610.000
207120ARGHB2H1.9350.000
208120ARGHB3H1.9350.000
209120ARGHG2H1.7070.000
210120ARGHG3H1.8940.000
211120ARGHD2H3.0630.000
212120ARGHD3H3.2120.000
213120ARGCAC59.1000.000
214120ARGCBC30.2170.000
215120ARGCGC27.6400.017
216120ARGCDC43.4160.000
217120ARGNN117.8850.000
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219121CYSHAH3.9120.000
220121CYSHB2H2.6080.000
221121CYSHB3H3.1240.000
222121CYSCAC65.9400.000
223121CYSCBC27.4410.039
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228122GLUHB3H2.0130.000
229122GLUHG2H1.9330.000
230122GLUHG3H1.9330.000
231122GLUCAC58.2310.000
232122GLUCBC30.0120.007
233122GLUCGC36.3340.000
234122GLUNN118.0210.000
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239123GLUHG2H2.2170.000
240123GLUHG3H2.4440.000
241123GLUCAC55.6910.000
242123GLUCBC30.3400.013
243123GLUCGC36.2560.004
244123GLUNN115.4220.000
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246124METHAH4.2750.000
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248124METHB3H2.4460.000
249124METHG2H3.0090.000
250124METHG3H2.9290.000
251124METHE1H2.2460.000
252124METHE2H2.2460.000
253124METHE3H2.2460.000
254124METCAC56.4280.000
255124METCBC33.5910.000
256124METCGC33.1270.001
257124METCEC18.6690.000
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260125LYSHAH3.9400.000
261125LYSHB2H1.2740.000
262125LYSHB3H1.0780.000
263125LYSHG2H1.3560.000
264125LYSHG3H1.2000.000
265125LYSHD2H1.5910.000
266125LYSHD3H1.5910.000
267125LYSHE2H2.9750.000
268125LYSCAC57.1530.000
269125LYSCBC33.5310.000
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279126TYRHD2H7.2460.000
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284126TYRCD1C133.9690.000
285126TYRCD2C133.9690.000
286126TYRCE1C118.1310.000
287126TYRCE2C118.1310.000
288126TYRNN115.7860.000
289127CYSHH8.7760.000
290127CYSHAH3.7330.000
291127CYSHB2H2.9180.000
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297128LYSHAH3.6050.000
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319129LYSCEC43.5770.000
320129LYSNN120.8890.000
321130GLNHH9.9350.000
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327130GLNNE2N112.1200.007
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329131CYSHAH4.2230.000
330131CYSHB2H2.9510.000
331131CYSHB3H2.7780.000
332131CYSCAC64.4060.000
333131CYSCBC26.6940.024
334131CYSNN119.1100.000
335132ARGHH8.7520.000
336132ARGHAH3.8840.000
337132ARGHB2H1.8180.000
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339132ARGCAC59.3870.000
340132ARGCBC28.4940.011
341132ARGNN119.1900.000
342133ARGHH7.8350.000
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Release date
2021-03-18
Citation
Discovery and Structure-Based Optimization of Fragments Binding the Mixed Lineage Kinase Domain-like Protein Executioner Domain
Ruebbelke, M., Hamilton, J., Binder, F., Bauer, M., King, J., Nar, H., Zeeb, M.
J. Med. Chem. (2021), 64, 15629-15638, PubMed 34672548 , DOI 10.1021/acs.jmedchem.1c00686 ,
Related entities 1. Mixed lineage kinase domain-like protein, entity 1, : 1 : 4 : 6 : 8 entities Detail
Interaction partners 1. Mixed lineage kinase domain-like protein, entity 1, : 11 interactors Detail
Experiments performed 12 experiments Detail
Chemical shift validation 4 contents Detail
Keywords LIPID BINDING PROTEIN, Necroptosis