BMRB Relational DB Snapshot

これはユーザーのローカル環境にBMRBのリレーショナルDBのスナップショットを構築を可能にするサービスです。このスナップショットは、主に毎週金曜日に更新され、rsyncプロトコルを使ったPostgreSQLの圧縮されたダンプファイルとして提供されます。データは、BMRB/XML (noatom)と完全な互換性があります。ユーザー自身の最適化により、検索の遅延時間を最小に抑えることが可能です。

Download

Initial setup

% createdb -d $DB_NAME -U $DB_USER

Update

% rsync -av --delete rsync://bmrbpub.protein.osaka-u.ac.jp/bmrb-pg-dump .
% pg_restore -c -d $DB_NAME -U $DB_USER bmrb_clone.sql

where $DB_NAME is database name and $DB_USER is user name.

References

  1. Akira R. Kinjo, Gert-Jan Bekker, Hiroshi Wako, Shigeru Endo, Yuko Tsuchiya, Hiromu Sato, Hafumi Nishi, Kengo Kinoshita, Hirofumi Suzuki, Takeshi Kawabata, Masashi Yokochi, Takeshi Iwata, Naohiro Kobayashi, Toshimichi Fujiwara, Genji Kurisu, Haruki Nakamura, Protein Science, 27(1), 95-102 (2018)
  2. Masashi Yokochi, Naohiro Kobayashi, Eldon L. Ulrich, Akira R. Kinjo, Takeshi Iwata, Yannis E. Ioannidis, Miron Linvy, John L. Markley, Haruki Nakamura, Chojiro Kojima, Toshimichi Fujiwara, J. Biomed. Semantics, 7(1), 16 (2016).
  3. Eldon L. Ulrich, Hideo Akutsu, Jurgen F. Doreleijers, Yoko Harano, Yannis E. Ioannidis, Jundong Lin, Miron Livny, Steve Mading, Dimitri Maziuk, Zachary Miller, Eiichi Nakatani, Christopher F. Schulte, David E. Tolmie, R. Kent Wenger, Hongyang Yao, John L. Markley, Nucleic Acids Research, 36, D402-D408 (2008).