NMR実験データと原子座標をデータベースに登録するとき、研究対象の生体高分子の長さや構造データの有無によって、利用する登録システムが異なります。以下の表をご参考ください。

登録システム	生体高分子の長さ、構造データの有無	アーカイブサイト
SMSDep	23残基以下のペプチド 3塩基以下の核酸 3つ以下の糖からなる糖鎖 天然物 構造データ：必要	NMRデータ：BMRB 原子座標：BMRB
OneDep	上記より大きいタンパク質 核酸、糖鎖 構造データ：必要	NMRデータ：BMRB 原子座標：PDB
BMRBdep (BMRB Only)	制限なし 構造データ：なし	BMRB

23残基以下のペプチド構造データもOneDepを通してPDBで受け入れることが可能となりました。対象は生物学的に重要性の証明されたものとなっています。主要な引用論文の受理も、PDBエントリーの公開に必要な条件に含まれます。PDBの受け入れ条件に不明な点があれば、登録の前に一度PDBjのアノテーターにご相談下さい。

What types of structure can be deposited to PDB?

Biomolecular polymers including polypeptides, polynucleotides, polysaccharides, and their complexes that meet the following criteria are accepted:

• For polypeptide structures
  1. all gene products
  2. all naturally-occurring peptides that are non-ribosomal in origin
  3. all peptidic repeat units of larger polymers (such as fibrous and amyloid polymers)
  4. Non-biological synthetic peptides with at least 24 residues within a polymer chain
• Polynucleotide structures of four or more residues
• Polysaccharide structures of four or more residues

Crystal structures of peptides with fewer than 24 residues within any polymer chain that do not meet criteria 1, 2, or 3 can be deposited at Cambridge Crystallographic Data Centre (CCDC).

NMR structures of such molecules can be submitted to SMSDep system.

Smaller oligonucleotides (dinucleotides and trinucleotides) can be deposited at Nucleic Acid Database (NDB).

Molecules that do not conform to these guidelines but have been previously deposited in PDB will not be removed.

• BMRB Aims and Policies
• BMRB Policy on Small Molecule NMR Structures
• wwPDB Processing Procedures and Policies

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