AssemblyとEntityの概念
BMRBでは、複数の分子が化学的に結合して形成する1つの大きな集合体を‘assembly’と呼び、
その集合体の構成要素となる分子のことを‘entity’と呼んでいます。
‘entity’には、生体高分子、補因子(金属イオン、補欠分子族、補酵素など)リガンドが当てはまります 。
ADIT-NMRでデータ登録をする際に、以下の概念で記述を行ないます。
AssemblyとEntity
- 測定分子が単量体で他にどんな分子も結合していないときは、‘assembly’と’entity’を同じものとして取り扱います。
(【例1】を参照)
- 測定分子がある生体高分子の一部分のみである場合も上記同様に記述します。
(【例1】を参照)
- ‘assembly’に複数の同じリガンドや金属が含まれる場合も上記同様、‘assembly’の構成分子リストではすべてを区別し、
‘entity’では同じものについては単一の分子として記述します。
(【例2】の zinc や【例3】の protein a を参照)
- ‘assembly’がホモ多量体の場合、
‘assembly’の構成分子リストにはそれぞれを区別してリストアップし、‘entity’の項目には単一の分子として記述します。
(【例3】を参照)
- ‘assembly’がヘテロ多量体やタンパク質-RNA複合体など異種要素からなる場合、
‘assembly’の’構成分子リストにはそれぞれの要素をすべて挙げ、‘entity’の項目でそれぞれの分子について記述します。
(【例4】を参照)
ヘモグロビンの場合