ADIT-NMRの使い方 1

ここでは、データ登録ウェブサイト「ADIT-NMR」で新規に研究データを登録する場合や、
既存の登録データを更新する方法について簡単な方針を述べます。
低分子量NMRデータ登録のためのウェブサイト「SMSDep」も使い方は基本的に同様です。

入力画面、データ項目の階層、各ボタンの説明は、ADIT-NMRの使い方 2をご覧ください。

1. 登録データファイルの準備

登録ではデータ入力による情報の提供の他に、

のファイル送信が必要となります。ADIT-NMRでデータ入力を始める前に、これらのファイルを用意しておくとよいでしょう。

帰属した化学シフトの登録ファイルの作成方法

原子座標ファイルと制限情報ファイルについて

2. 登録セッションの開始

ADIT-NMRのトップページを開きます。下記の場合に応じて登録セッションの開始方法を選択します。


・To start a new ADIT-NMR session:

新規に登録作業を行なう場合:
BEGIN」のボタンを押します。

・To continue with an existing session from an earlier date:

ADIT-NMRの入力途中で、前回の作業を再開したい場合:
Session Restart ID」を入力して「CONTINUE SESSION」ボタンを押すと、
前回の保存状態から、作業を再開することができます。
(注意)登録完了後は、この登録セッションでのアクセスはできません。

・To begin a new deposition using a previous deposition:

かつて、このADIT-NMRを使用してデータ登録を行なったことがある場合:
そのときの入力データを利用して(複製する)、新しい登録セッションを開始することができます。
利用したい「Session Restart ID」を入力して「NEW SESSION」ボタンを押すと、新しい「Session Restart ID」が発行されます。
そして今回の登録内容に合わせて、修正あるいは追加・削除を行なって下さい。

3. 「Session Restart ID」の割り当て

登録セッションには一意の「Session Restart ID」が割り当てられます。 (左上の青枠の中)
再度このセッションにアクセスするときのために、この「Session Restart ID」が必要となります。
E-mail:」ボックス内に電子メールアドレスを記入してを押すと、
Session Restart ID」が記された電子メールを受け取ることができます。

4. BMRBとPDB登録の入力画面の切り替え

次に、登録の種類を選択します。

ADIT-NMRでは、両者の登録データを一括で、個別に登録処理担当者へ提出することができます。
(注意)SMSDep(低分子量のNMR立体構造データ)の登録は、BMRB登録となり、以下のような選択はありません。

BMRB登録の場合

PDB/BMRB登録の場合

(注意)このPDBエントリーが、既に登録済みのBMRBエントリーと関係があるならば”yes” を選択して下さい。

最後に、のボタンを押す。

画面が変わり、File upload instructionsのページに飛びます。
読んだ後、のボタンを押して下さい。

5. BMRB登録の場合 データファイルの送信

BMRB登録モードを選択した場合は、以下の画面が表示されます。

step1:アップロードしたいファイルを選択します。

step2:ファイルの種類を選択します。

(注意)NMR data fileを選択した場合 ->下記の一覧から、種類を選択

step3:アップロード実行。

を押して、ADIT-NMRサーバへ送信。

6. PDB/BMRB登録の場合 データファイルの送信

PDB/BMRB登録モードを選択した場合は、以下の画面が表示されます。

step1:アップロードしたいファイルを選択します。

step2:ファイルの種類を選択します。

(注意)NMR data fileを選択した場合 ->一覧から、種類を選択

step3:アップロード実行。
を押して、ADIT-NMRサーバへ送信。

原子座標ファイルを送信した後には、フォーマット確認と構造評価のために、
必ずボタンと ボタンを押して確認を行なってください。

検証項目の詳細は「登録データの検証」をご覧下さい。

7. 研究データの入力

ここからは、研究に関するデータの入力を行ないます。
詳細は、「ADIT-NMRのデータ入力項目」を参照して下さい。