06. Morecular assembly

研究した生体高分子を構成する集合体（多量体タンパク質やタンパク質-RNA複合体、金属タンパク質など）について、
その物理的状態や構成分子の一覧化、要素間の結合情報などを記述します。
単量体の場合は構成分子数を"1"として扱います

BMRBにおける単量体や複合体、金属結合タンパク等に関する概念や記述方法やについては、
AssemblyとEntityの概念をご参照ください。（英文の説明は、Molecular System)

Morecular assembly
Molecular assembly name
研究した集合体の名称を簡潔に記入します。
[例：p53 tetramer]
Total number of biopolymers and ligands
集合体を構成する生体高分子やリガンド、金属の総数を記入します。
[例：4]
Are there cross-linking or other intermolecular bonds in the system
集合体を構成する分子間や分子内でジスルフィド結合が存在する場合、「yes」を選択します。
リガンド-残基間や生体高分子と金属イオン間で共有結合が存在する、
あるいは残基（塩基）間の標準的でない共有結合が存在する場合も同様に「yes」を選択します。
Molecular mass
集合体の分子量の概数値をダルトンの単位で記入します。
[例：17600]
Enzyme commission number
この集合体にEC番号（Enzyme Commission decimal code）が割り振られている場合、それを入力します。
[例：EC 1.12.1.2] （参照：酵素命名法）
Molecular assembly description
この集合体について注釈がある場合、記入します。

集合体を構成する分子（生体高分子やリガンド、金属など）を列挙し、一覧化します。
ここでは同じ種類の分子であっても複数あるときは個別に挙げてください。

Molecular assembly contents (polymer chains, cofactors, metal ions, etc.)
Assembly component name
構成分子の名前を記入します。ここでは集合体を構成する分子の数と同数の分子の名前が挙げられます。
例えば2つの亜鉛イオンが生体高分子と結合している場合、
“Zn2+ No.1”“Zn2+ No.2”のように区別してください。
[例：Cyt.c peptide, heme]
Molecular entity name to assign to this assembly component
カテゴリ「Molecular entity」の「Brief molecule name or acronym (label)」項目で入力した
生体高分子やリガンド、金属イオンの名前を記入します。
既に入力した場合はプルダウンリストに登録されているので、その中から選択します。
ホモダイマーのように同じ残基（塩基）配列で同環境下にある2つの生体高分子は同じ1つの名前を差すことになるでしょう。
[例：HIV protease polypeptide]
NMR experimental data reported
今回の登録でNMR登録データを登録するものに「yes」を選択します。
Physical state (biopolymers only)
この生体高分子の物理的状態を表す適当な語句を、プルダウンリストから選択あるいは簡潔に記入します。
NMR observable conformational isomer
この生体高分子あるいは有機リガンドが複数の安定配座状態をとり、
集合体を構成する他の同じ分子の構造異性体であるとNMRスペクトルで観測された場合は「yes」を選択します。
例えば、プロリン残基環状部分の水素や炭素原子で、'cis'と'trans'の
立体配座の違いよる共鳴ピークの分裂が観測された場合はこれに該当するでしょう。
あるいは、系を構成するグルコースが一方ではalpha-D-グルコースで他方ではbeta-D-グルコースの場合など。
Chemical exchange state
この分子が生体高分子や他の分子と化学交換を行っているかどうかを示します。
例えば、リガンドが生体高分子との間で結合と解離の平衡状態であるときは「yes」を選択します。
Magnetic equivalence group code
ここで挙げた集合体の構成分子について、核磁気的に等価な環境をもつ分子の組を特定するためのIDの組を定義します。
ヘテロダイマーなら、'1'と'2'あるいは'A'と'B'のような記号を入力します。
ホモダイマーあるいは複数の有機リガンドなど同じ分子が核磁気的に等価な環境下であるなら、
それぞれ同じ記号（'1'と'1'や'A'と'A'）を記入しますが、もし異なる場合は区別します。
Role of the component in the assembly
集合体の中におけるこの構成分子の機能や役割について記します。
[例：catalytic unit]
Details for this assembly component
この分子についての注釈を記入します。
[例：The bound ATP is in slow exchange with the free form]

今回登録する生体高分子に関係するデータベースの登録についての情報を入力します。

Links to structure, function, or other databases for the molecular assembly
Common database abbreviation
研究対象の生体高分子と関係のあるデータが、登録されているデータベースの略名（通称）を、
プルダウンリストから選択あるいは記入します。
Database accession code
データベースにおけるデータの登録番号あるいはIDを入力します。
[例：1brv]
Experimental method used to collect data
この登録データを得るのに使用した分析方法をプルダウンリストから選択あるいは記入します。
Structure resolution
この登録が原子座標データの場合、その解像度を記入します。
[例：1.3A]
Relationship to current entry
この登録と今回のBMRB登録との関係について説明します。
[例：Structure for the free repressor that is bound to DNA in this study.]
Comments regarding the entry
この登録やデータに関するあらゆる情報について記入します。

集合体の構成分子間において、NMRで観測される2原子間の化学的相互作用（交換）がある場合に以下の項目を記入します。

Molecular assembly component interaction descriptions
Mol interaction ID
ここで挙げる複数の分子間相互作用を特定するための番号を記入します。
[例：1, 2, 3]
Mol 1 entity ID
相互作用をしている一つ目の構成分子の番号を整数値で記入します。
この番号は「assembly component」の項目で構成分子を一覧化したとき、左から数えられる番号を記入します。
[例：1]
Mol 2 entity ID
相互作用をしている二つ目の構成分子の番号を整数値で記入します。
[例：3]
Mol interaction type
NMR分光学で交換の速度を表す語句をプルダウンリストから選択あるいは記入します。

この集合体の生物学的機能について記述します。

Biological functions performed by the molecular assembly
Biological function
生物学的機能を表す語句を簡潔に記入します。[例：calcium ransporter]