登録を始める前に

BMRBのデータ登録に際し登録者側でご留意して頂きたい事項について幾つか挙げました。
ご質問・コメントがある場合は、 BMRBグループまでご気軽にお尋ねください。

1. 研究した生体高分子のNMRデータの登録単位

BMRB登録では生体高分子単位で登録番号を発行しています。
単一の研究で得られた複数の組のNMRデータであっても、生体巨大分子の系によっては分離して登録する必要があります。
以下のような事例に当てはまる場合は分離して登録を行い、個別のBMRB登録番号を得てください。

次のような場合は複数のNMRデータであっても、一つとして登録します。

2. 登録ウェブサイト ADIT-NMRとSMSDepの違い

NMR実験データと立体構造データをデータベースに登録するとき、 研究対象の生体高分子の長さによって、利用する登録ウェブサイトが異なります。
以下の表をご参考ください。

登録ウェブサイト
生体高分子の長さ
登録データベース
SMSDep
23残基以下のタンパク質
3塩基以下の核酸
3つ以下の糖からなる糖鎖
実験データ:BMRB
構造データ:BMRB
ADIT-NMR
上記より大きいタンパク質
核酸、糖鎖
実験データ:BMRB
構造データ:PDB

現在では、低分子量の立体構造データでも、生物学に関連する研究対象は、ADIT-NMRを通してPDBでも受け入れることが可能です。
ご不明な点がある場合、PDBの問い合わせ画面にてご質問下さい。

3. 登録の公開保留期間

登録処理が完了したデータを公開する機会は次の通りです。
この保留期間は、ADIT-NMRやSMSDepの中で指定することが出来ます。 (FAQ Q2-1 登録データの公開時期はどのように設定できますか?)

公開までの保留期間は、上記に関わらず、登録日より最長1年となっています。
  (→ここでいう登録日とは、登録番号の発行メールの送信日にあたります)

登録日より1年が経過した後、事前通知なく、公開となります。
  (→もし公開を望まない場合、登録日から1年経過する前に「取り下げ申請」をBMRBグループまでご連絡下さい)

4. 各種データにおける生体高分子配列の整合性

登録ウェブサイトで入力した生体高分子の残基(塩基)配列と、
送信したファイル中に記述されているNMR実験データや原子座標データの配列との間に相違がある場合が見受けられます。
また、BMRBやPDB、および残基(塩基)配列データベース間で配列記述が相違していることもありますので、
登録者は自分の研究データを登録する際に各種データ間で配列記述の整合性が保たれているかどうかご確認ください。

5. 論文雑誌への登録番号の通知

一般に論文雑誌は、研究データのデータベース登録番号の提供を推奨します(あるいは要求します)。
登録者はADIT-NMRあるいはSMSDepから電子メールにて通知されたBMRBの登録番号あるいはPDB IDを投稿雑誌に提供して下さい。

もし、論文の発表が先に行われた場合、読者は論文に記載されたBMRB登録番号、
あるいはPDB IDの登録データをBMRBやPDBサイトで見つけることができないので、
BMRBとPDBへのデータ登録は論文の発表より以前に済ませておくことをお薦めします。

6. 登録者とBMRBの登録処理担当者とのやり取りにおける電子メールのSubject欄

BMRBの登録処理担当者からの電子メールに対して返信する際は、
「Subject」の「BMRB entry xxxxx」(xxxxxは5桁の数字)の文字列を消去しないようお願いします。

7. 登録データの受領証明

研究者の登録がBMRBの登録処理の過程で現在どのような状態にあるのか、以下のウェブページで確認できます。
このことは一般に公開されます。

登録受け取りおよび処理中の一覧  Entries Received and Being Processed at BMRB
論文公開あるいは要請期日まで登録公開保留中の一覧  Entries 'On Hold' at BMRB
新規に公開した登録の一覧  Listing of New BMRB NMR-STAR files

また、PDB登録の処理状態の確認はこちらで確認できます。 Status Search at PDBj

8. 登録の訂正・修正、更新

登録後に何か新しい結果を得た、あるいは修正をする必要が生じた場合、自分の登録データを更新することを強く奨励します。
BMRBの問い合わせ画面で、登録番号・修正点を明記の上ご連絡ください。

また、BMRBの登録処理担当者は明らかなエラーを訂正するために、あるいはアップグレードによるデータフォーマットの一貫性を維持するために通知なく登録データのファイルを更新することがあります。